Ahıskalı Şeyh Ali Haydar Efendi, 27 Mayıs İhtilali sonrası 1 Ağustos 1960 tarihinde vefat ettiğinde devrin şartları gereği daha önceden Fatih Camii haziresinde hazırlanan ve resmi izni de alınan kabrine defnedilemedi. Örfî idare tarafından yıllarca ders okuttuğu Fatih Camii’nde cenaze namazının kılınmasına da izin verilmedi.
Yakınlarının müracaatıyla Sultan Selim Camii’nde namazının kılınması, Edirnekapı Sakızağacı Şehitliği’nde defni için müsaade alınabildi. Cenaze namazı 2 Ağustos günü Sultan Selim Camii’nde talebelerinin ve sevenlerinin iştirakiyle Mahmud Sami Efendi tarafından kıldırıldı. Vefatı ve cenaze namazı, 3 Ağustos 1960 tarihli son Havadis gazetesinde aşağıdaki gibi verildi.
